基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术是GBIMToF-1000对微生物进行检测的基础。仪器主要由基质辅助激光解吸电离离子源(MALDI)和飞行时间质量分析器(TOF)两部分组成。激光照射样品与基质形成的共结晶薄膜,基质从激光中吸收能量传递给生物分子,而电离过程中将质子转移到生物分子或从生物分子得到质子,而使生物分子电离。离子在电场中加速后进入无场区自由飞行,根据到达检测器的飞行时间不同而被检测并生成谱图。仪器主要通过绘制具有保守特征的微生物核糖体蛋白离子峰图谱并建立标准数据库,随后将临床微生物的质谱数据通过与数据库中的标准谱进行对比,从而实现对微生物的准确鉴定。